Il corso fornisce la comprensione e la capacita’ di utilizzare strumenti bioinformatici per l'analisi della sequenza, struttura e funzione delle proteine. Le peculiarita’ delle metalloproteine sono affrontate esplicitamente, cosi’ come gli specifici strumenti computazionali.
G. Valle, M. Helmer Citterich, M. Attimonelli, G. Pesole. Introduzione alla bioinformatica. Zanichelli, 2003.
Obiettivi Formativi
Conoscenze: Il corso si propone l’obiettivo di fornire le conoscenze necessarie per lo studio delle relazioni tra sequenza, struttura e funzione nelle proteine, incluse anche le interazioni intermolecolari, mediante l’utilizzo dei metodi della chimica computazionale e della bioinformatica. Le conoscenze fornite comprendono inoltre le banche dati e i server web disponibili in rete.
Competenze acquisite Uso di metodi computazionali avanzati per l’analisi della relazione sequenze-struttura-funzione nelle proteine e metallo proteine.
Capacita’ acquisite al termine del corso: Gli studenti acquisiranno la capacità di utilizzare banche dati in rete, server web e algoritmi di calcolo per l’analisi, anche comparativa, della sequenza, struttura, funzione, e interazione con partner molecolari di proteine e metallo proteine.
Metodi Didattici
Numero di ore totali del corso: 150
Numero di ore per studio personale e altre attivita’ formative di tipo individuale:
Numero di ore relative alle attivita’ in aula: 48
Numero di ore relative ad attivita’ di laboratorio (lezioni in laboratorio): 0
Numero di ore relative ad attivita’ di esercitazioni (in laboratorio e in campo): 5
Altre Informazioni
Orario di ricevimento
Su appuntamento
Modalità di verifica apprendimento
Esame orale. Numero minimo di appelli annuali: 10.
Programma del corso
Introduzione alla biologia computazionale: motivazioni e metodologie. La gestione dei dati biologici. Analisi della sequenza delle proteine. La relazione di omologia fra proteine. La struttura tridimensionale delle proteine. Il fold e i domini strutturali. Server bioinformatici. Homology modelling e threading. Predizione di siti di legame. Il legame dei cofattori metallici nelle metalloproteine. Predizione di metalloproteine. Identificazione dei partner funzionali. Metodi di docking fra proteine. Analisi filogenetiche. Analisi di sequenze di genomi.