Storia e background della Filogeografia. Marker genetici ed evoluzione. Metodi di analisi dei dati molecolari. Filogenesi e genetica di popolazione. Casi di studio.
John C. Avise, 2000. Phylogeography: the history and formation of species. Harvard University Press.
John C. Avise, 2004. Molecular markers, natural history, and evolution. Sinauer Associates, Inc. Pub., Suderlarnd, Massachusetts.
M. Zunino & A. Zullino, 2004. Biogeografia. Casa Editrice Ambrosiana.
Obiettivi Formativi
Conoscenze:
Principali nozioni riguardanti i processi di alla base della creazione della variabilità genetica. meccanismi di evoluzione; conoscenza dei principali marker genetici; Conoscenza dei principali metodi per ricostruire la storia evolutiva tra organismi.. Conoscenze sui principali metodi statistici per dati molecolari..
Competenze acquisite
Capacità di distinzione nell’uso dei principali marker genetici.
Competenze sulle basi teoriche e tecniche per lo studio dei processi evolutivi.
Capacità acquisite al termine del corso:
Capacità di comprendere e valutare in maniera critica un articolo scientifico di filogenesi, filogeografia e genetica di popolazione.
Capacità di partecipare attivamente ad uno ricerca di filogeografia.
Prerequisiti
Corsi vincolanti: Genetica
Corsi raccomandati: Genetica delle popolazioni
Metodi Didattici
Numero di ore totali del corso: 75 (= 3 x 25)
Numero di ore per studio personale e altre attività formative di tipo individuale: 45
Numero di ore relative alle attività in aula: 26
Numero di ore relative ad attività di laboratorio (lezioni in laboratorio): 2
Numero di ore relative ad attività di esercitazioni (in laboratorio e in campo): 0
Numero di ore relative ad attività seminariali: 2
Altre Informazioni
Orario di ricevimento
Martedi 10.30/12.30
Modalità di verifica apprendimento
Modalità: Orale
Programma del corso
Storia e definizione della filogeografia. Microevoluzione, macroevoluzione e speciazione. Forze evolutive. Vicarianza e dispersione. Teoria della coalescenza. Il DNA mitocondriale Principali tecniche biomolecolari. Analisi di dati di sequenza: allineamento di sequenze; metodi per la stima della distanza genetica. Alberi evolutivi. Definizione di gruppo monofiletico, parafiletico e polifiletico. Metodi di inferenza filogenetica (distance method – NJ, UPGMA - e discrete method - maximum parsimony, maximum likelihood, Bayesian -). Metodi per testare la bontà di un albero. Concetto di orologio molecolare: taratura dell’orologio molecolare e controversie intorno a tale concetto. Struttura genetica di popolazione e flusso genico. Categorie filogeografiche. Casi di studio e fattori che influenzano la formazione delle diverse categorie filogeografiche. Filogeografia e genetica della conservazione: definizione del concetto di Evolutionary Significant Units (ESUs) e Management Units (MUs). Nested clade analysis.
Esercitazione. Uso dei principali software per l’analisi di dati genetici. Discussione di casi di studio ricavati dalla letteratura.