Tecniche e strategie per il mappaggio ed il sequenziamento dei genomi. Contenuto genico nei genomi di Archei, Batteri ed Eucarioti. Genomica comparata. Evoluzione dei geni. Principi di analisi di genomica funzionale. Trascrittomica comparata. La variabilità nel genoma. Analisi statistica della variabilità genomica. La genomica ambientale: scoperte ed applicazioni. Tecniche bioinformatiche per lo studio della struttura e della funzione del genoma.
Libri di testo:
A.M. Lesk, Introduzione alla genomica. Zanichelli, 2009
B. Lewin, Genes IX, Jones and Bartlett, 2008
S.B. Primrose & R.M. Twyman, Principles of genome analysis and genomics. Blackwell Publishing, 2003
A. Scialpi & A. Mengoni (a cura di). La PCR e le sue varianti. Firenze University Press, 2008
Obiettivi Formativi
Conoscenze: Conoscenze di base ed avanzate di genomica strutturale, comparata e funzionale. Conoscenze dei metodi di analisi dei genomi
Competenze acquisite
Lo studente ha acquisito competenze relative allo studio dei genomi ed alle tecniche sperimentali e bioinformatiche per la loro indagine
Capacità acquisite al termine del corso:
Lo studente e’ in grado di impostare in autonomia un protocollo sperimentale e bioinformatico di analisi di un genoma e di derivarne le conseguenze biologiche e biotecnologiche.
CFU: 6
Numero di ore totali del corso: 150 (= 6 x 25)
Numero di ore per studio personale e altre attività formative di tipo individuale: 102
Numero di ore relative alle attività in aula: 48
Numero di ore relative ad attività di laboratorio (lezioni in laboratorio):
Numero di ore relative ad attività di esercitazioni (in laboratorio e in campo): 0
Numero di ore relative ad attività seminariali: 0
Numero di ore relative ad attività di stage: 0
Numero di ore per prove in itinere: 0
Altre Informazioni
Orario di ricevimento
Su appuntamento dal lunedì al venerdì
Modalità di verifica apprendimento
Colloquio orale
Programma del corso
Introduzione alla genomica. La storia del sequenziamento dei genomi. Tecniche e strategie per il mappaggio ed il sequenziamento dei genomi. Contenuto genico nei genomi di Archei, Batteri ed Eucarioti. Il DNA ripetuto. I genomi nucleari e degli organelli. Genomica comparata ed evoluzione delle cellule. Il genoma minimo. Evoluzione dei geni. Famiglie geniche. Le strutture genomiche di ordine superiore: le isocore. Evoluzione dell’architettura dei genomi. Gli organismi modello ed i loro genomi. Principi di analisi di genomica funzionale. Microarray ed espressione genica. Il concetto di gene e la genomica funzionale. Il controllo dell’espressione genica in una visione genomica. Trascrittomica comparata. La variabilità nel genoma: localizzazione, origine e tecniche d’indagine. QTL, marcatori molecolari e genomica di popolazione. Analisi statistica della variabilità genomica. La genomica ambientale: scoperte ed applicazioni. Tecniche bioinformatiche per lo studio della struttura e della funzione del genoma.