Lo scopo del corso è consentire agli studenti di familiarizzare con un numero significativo di strumenti di bioinformatica e database; capire i metodi computazionali sottostanti; essere in grado di sfruttare a fondo le capacità degli strumenti; implementare, eseguire e interpretare i risultati di un insieme di analisi bioinformatiche.
FONDAMENTI DI BIOINFORMATICA M. Helmer Citterich; F. Ferrè, G. Pavesi, C. Romualdi, G. Pesole Ed. Zanichelli
Introduzione alla bioinformatica. G. Valle, M. Helmer Citterich, M. Attimonelli, G. Pesole. Ed. Zanichelli
Understanding bioinformatics. Marketa Zvelebil, Jeremy O. Baum Ed. CRC Press
Obiettivi Formativi
Gli obiettivi formativi includono:
1) Conoscenze di base in ambito bioinformatico
2) Consultazione di banche dati biologiche.
3) Allineamento di sequenze di proteine.
4) Relazione struttura-funzione di proteine.
5) Interazioni fra molecole biologiche
Prerequisiti
Biochimica
Metodi Didattici
Lezioni frontali; esercitazioni individuali in aula; dimostrazioni
Modalità di verifica apprendimento
L'esame prevede il superamento di una singola prova orale. La prova orale verte su domande relative ai temi trattati a lezione e l'uso degli strumenti visti in laboratorio.
Per sostenere la prova è richiesta l'iscrizione all'esame sul sito web della didattica abilitato alla verbalizzazione elettronica. La lista viene
chiusa due giorni prima della data di appello. In funzione del numero di persone che si sono registrate all'appello potrà essere predisposto un
calendario di date possibili, comunicato all'inizio dell'esame.
Programma del corso
Il corso consisterà in lezioni ed esercitazioni relative ai seguenti argomenti: server e web server; database; accesso ai dati tramite queries; sequenza genica e proteica; allineamenti di sequenze; profili di sequenze; metodi di clustering; allineamenti strutturali; relazione struttura-funzione in proteine; interazioni proteiche; network biologici: calcolo, visualizzazione e analisi; metodi di modeling strutturale.